Подскажите пожалуйста схему подключения USB контроллера к PIC16F628.
И если можно схемы готовых устройств, на этом МК, с подключением внешней клавиш и индикатора

А программу сами напишете?
И что имеется в виду под USB-контроллером? Если преобразователь COM-USB типа FT232, то по схеме из даташита на FT232 к последовательному порту PICa. А индикатор и клавиатуру - на любые оставшиеся ноги PICa. Все, схема готова!

А FT245BM подойдет для этого контроллера? может быть целесообразно использовать PIC со встроенным USB? В общих чертах, пишу диплом, устройство содержит формирователи постоянного/переменного напряжения, постоянного тока, потенциометр, все это вешаю на контроллер (правда не знаю хватит ли 18 входов/выходов PICa). Ну и модуль должен к ПК подключатся.

1. У него в сумме 18 ножек, значит 18 входов-выходов быть не может
2. Указанная вами FT245BM есть "Obsolete", то есть старая-престарая и нафиг не нужная.
3. Лучше возьмите из той же конторы ftdi, но не с параллельной шиной, а преобразователи USB to serial. Значительно меньше мороки со стороны PC и со стороны контроллера. То есть микроконтроллер имеет просто UART и ничего не знает про USB. Посмотрите FT232 какую-нибудь. Еще лучше просто готовый модуль взять и в свою плату впаять, там и микросхема и USB коннектор, например UM232R.
4. Не усложняйте себе жизнь в сотни раз, не делайте это на контроллере со встроенным USB. Незачем искать проблемы да еще если это диплом. Никто сильно не оценит вашу крутизну, лучше сосредоточиться на решении собственно задачи (измерить-сформировать-поуправлять-отобразить).
5. Контроллер не самый ветвистый и ресурсоемкий. Если вы начинающий- лучше сразу PIC18 смотрите, они к использованию Си более приспособлены (я надеюсь, вы не пишете диплом на ассме?). Нечего сажать себя в прокрустово ложе и потом героически в нем ковыряться, считая байтики, это опять же никто не оценит, а времени убъете много. Если сомневаетесь в ножках- закладывайте сразу 28-ногий процессор, ну и ОЗУ побольше. Никто не поймет вашей экономии в два доллара, а вот лишняя неделя-другая сэкономленного времени всегда пригодится.

С моей точки зрения, софт со стороны компьютера легче делать для чипов FTDI в режиме D2xx, чем для встроенных в МК USB. Там очень понятные примеры на различных языках, проще настройка параметров, шире возможности и поиск подключенных устройств.
Хотя, кто в чем разобрался - то и кажется проще и удобнее.

Если что-то точно хотите измерять, может стоит задуматься о гальванической развязке от компьютера? И использовать USB-COM переходник?