PCB-редактор PCAD 2002.

Когда включен слой Board, появляются контактные площадки на слоях TopAssy и TopBottom

Выключаешь Board - они исчезают.

В dtp-файле этих слоёв нет.

Что это такое может быть?

А с чего Вы взяли, что эти площади именно на слое TopAssy и что это за слой TopBottom? Обычно, при переключении на слой Board и включенной видимости остальных слояев становятся видны вскрытия падов на слоях масок. Может это их Вы наблюдаете? Или они вообще на пустых местах появляются? о_О
Сделайте скрин нормального экрана и с лишними площадками, разместите здесь, посмотрим, на что это похоже.

Слой TopSilk , а не TopBottom, конечно

Включены только 3 слоя - Board, TopAssy и TopSilk.

Выключаешь слой Board - площадки исчезают, включаешь - появляются.

Скрины, сестра, скрины! (С)

А если серьезно, то да - скрины платы и скрины определения "появляющихся" площадок, желательно в разделе Complex, Non-Signal Layers.