Есть сосбтвенно собранная плата на базе at91sam9260. Там есть выход USB. Хочется подключить мою плату по USB к компьюетеру. Само собой, когда просто соединяешь проводом, то операционная система говорит, что неопознаное устройство. На плате USB подключенно к процу на прямую через предохранитель. Как я понимаю, нужно написать свой драйвер и каким-то образом положить его в проц.
Кто может подсказать как это сделать и где побольше почитать про это?

Скачайте Keil. Там в комплекте с самой средой разработки (к слову, очень удачной) есть исходники примеров различных USB - устройств (HID, CDC, Mass-Storage). изучайте их и приспосабливайте под свою задачу. Ну и букварики почитайте вроде Гука, Агурова, Jan Alexson:

http://lord-n.narod.ru/walla.html

Ну и без спецификации USB вам не обойтись ...

В этой книжке подробно описано как драйвер для USB создавать:
Практика программирования USB

Драйвера под эту плату по идее писать не надо.
Попробуйте скачать софтину от ATMEL http://www.atmel.com/dyn/products/tools_ca...sp?tool_id=3883 при установке она поставить драйвера под все известные платы атмел.
еще для работы под Вашу плату желательно собрать скрипты как это деалется можно посмотреть вот сдесь - http://dmilvdv.narod.ru/AT91SAM9260/index.html?sam_ba.html