Как тут писали, возможно объединить платы в одном проекте, если использовать команду layout : load-> merge. Это получается, но не всегда корректно. У меня бывают случаи, когда некоторые footprint'ы "перескакивают" во слоя bottom на top. В "объединенном" проекте эти посадосные места имеют те же значения X,Y и угла поворота, но на верхнем слое вместо нижнего. Никто не решал такую проблему?

Объединяйте Герберы.
Так будет эффективнее.
Только при объединении Герберов количество слоёв всех отдельных проектов должно совпадать, включая файлы сверловки