Как можно подключить две микросхемы работающие по протоколу SPI, одна из который SD карточка, к микроконтроллеру Atmega 32.
Нашел статью http://www.kit-e.ru/articles/interface/2009_03_53.php
Не совсем понятно, можете привести примеры своих схем

У SPI есть сигнал CS: chip select (выбор м/с). Их может быть несколько, по числу устройств; для каждого устройства свой сигнал. Пока сигнал неактивен, устройство освобождает линии данных и синхронизации.

а если реализовать аппаратный и программный SPI одновременно, но и оставить возможность программирования микроконтроллера

А зачем. Аппаратная реализация для того и нужна, чтобы мелкую, быструю, критичную ко времени работу делать. Программную реализацию лучше для алгоритмов устройства оставьте.