Есть сигнал с детектора
вариант 1

он же

вариант 2

он же

(2 варианта для оценки величины сигнал/шум)
Требуется определить амплитуды пиков, соответствующих регистрации частиц. Есть ли оптимальный способ или алгоритм, с помощью которого можно было бы обработать сигнал, исключив шумы?
Очень хотелось бы получить рекомендации людей опытных и знающих.

Если шум стационарен, то, в отсутствии сигналов, делается оценка стат. характеристик шума.
Затем включаем общеизвестные методы выявления промахов, но в качестве "промахов" выступают резко отличающиеся пиковые значения сигнала.
Либо совсем уж примитивно - используем для обнаружения сигнала порог, возможно плавающий, над уровнем шумов.