Возникла следующая проблема. Делаем инициализацию в Impact. Определяются обе ПЛИС. В поставленной задаче первым должен прошиваться Spartan, но при попытке загрузки выдается ошибка. Если прошить первым Virtex (прошивается без проблем), то Spartan без проблем прошивается. Начали искать ошибку. Выяснили, что выходной пин Done у Virtex по ошибки был заведен на пин IO_L17P_2/INIT_B. Схема ниже. Правильно ли понимаем что пока на этом пине не будет ‘1’ Spartan загружаться не будет? Подскажите, как в нашем случае исправить эту проблему (Spartan должен загружаться первым)?

Понимаете правильно. Нога INIT как раз и создана для того, чтобы "притормаживать" конфигурацию. Исправить - несложно, отцепите эту ногу от ноги DONE Виртекса. Надеюсь, эта дорожка проходит не во внутренних сигнальных слоях. Правильность загрузки Виртекса поверяйте не с помощью мониторинга его ноги DONE, а каким-нибудь другим способом (тут масса вариантов).

Спасибо! Дорожка идет по нижнему слою.
P.S. Пошел за скальпелем...