Скажите, пожалуйста, на какой вывод МК подавать импульсы со счетчика Гейгера? чтобы подсчитать их количество и сравнить с пороговым значением: T0/T1 или INT0/INT1. И в каком режиме для этого должен работать таймер/счетчик?

Заранее спасибо.

Слишком расплывчатая информация. Мало данных.

Наверное, Вам требуется определить количество импульсов за некоторый интервал времени? Для определения интервала времени будет задействован один таймер. Если другие таймеры задействованы под другие задачи не будут, то логично использовать ещё один таймер/счетчик для подсчета числа импульсов, т.е. использовать Т0 или Т1. В противном случае прийдется использовать программный подсчет через INTx, если, конечно, частота следования импульсов это позволяет.

Режим работы счетчика импульсов - скорее всего (тут уж зависит от способа обработки результатов) - Normal Mode. Возможно (зависит от частоты следования импульсов, интервала подсчета, разрядности выбранного счетчика), следует предусмотреть программный подсчет числа переполнений счетчика - программное расширение разрядности счетчика.