Как правильно сделать экран Фарадея( маломощный повышающий flyback, P=30 W, Vin =48V Vout=160V F=128 KHz, core - EFD25)

- как один неполный виток медной полоски с зазором, скажем, 1..2 мм

или

- как один виток медной полоски (изолированной, конечно) с небольшим перехлестом ???

Уж если экранировать, то полностью. Что мешает выполнить его с перехлёстом?

То есть делать экран между обмотками нет смысла(я имел ввиду именно межобмоточный экран) ?

Есть. Но зазор в нём ни к чему.

Может лучше в виде КЗ витка поверх транса

Это тоже не помешает, но автору нужен экран именно между первичной и вторичной обмотками.
По большому счёту совсем без зазора или с минимальным зазором - вопрос скорее удобства изготовления.
В любом случае ёмкостная связь между обмотками резко уменьшится, что и требовалось.

Кто нибудь пробовал экран выполнять в виде отдельной обмотки, где один вывод висит в воздухе?

На низкочастотных (50Гц) трансформаторах часто именно так и выполнялся.