Здравствуйте!

Есть ARM, в него залито ядро линукса, линукс запускает некую программу для обработки данных и на экране я вижу командную строку линукса. Это нормальное состояние.

В программе я завел бесконечный цикл и залил в арм. Теперь линукс в арме прогружается, запускает мою программу, которая бесконечно вращает мой цикл. В дальнейшем командной строки линукса на экране я не наблюдаю, а вижу только сообщения о ходе выполнения бесконечного цикла. Пытался использовать сочетание клавиш CTRL+C для критического сброса выполнения программы, но и это не помогает.

Как можно сбросить ARM в своё нулевое состояние? Или как прекратить выполнение бесконечного цикла вручную, чтобы я через командную строку мог бы залить нормально работающую программу?

Какая у вас консоль ? Если используете терминалку то они как правило CTRL+C перехватывают и для посылки CTRL+C нужно порыться в менюшках терминальной программы или ман прочитать.
Вы в программе сигналы не заблокировали ?

Зачем делать так чтобы Линукс автоматом запускал какую-то неоттестированную программу? Теперь Вам только образ файловой системы перешивать (будет Вам наперед наука), есть еще способ из ю-бута подменить шелл ядру, в который он будет грузиться, но если не знаете как, то быстрее рутфс перешить.

Человек, который собирал ядро, видимо позаботился о таких неприятных вещах и собрал ядро с telnet'ом - через него у далось прекратить действие бесконечного цикла

telnet - это приложение, так что тут правильнее говорить "собрал rootfs (или дистрибутив) с телнетом". Ядро и rootfs - это разные вещи и , в общем случае, они могут располагаться в разных местах, например, Ядро может быть зашито в NOR Flash, а rootfs в NAND Flash. И менять, т.е. перешивать, их можно по отдельности. Можно иметь несколько rootfs с разным набором приложений и грузиться в них по желанию.