Если говорить про P-CAD, то библиотека в нем - это просто какой-то файл, содержащий в себе набор компонентов. К P-CAD таких файлов можно прикрепить несколько. C Mentor Expedition все несколько сложнее. В нем есть одна центральная библиотека (Library Manager), которая прикрепляется к проекту, причем она представляет из себя папку с целым набором разных файлов. Но это ладно, с этим все более-менее понятно.

Вопрос в другом. Библиотека Mentor - это не только набор компонентов, но и куча всяких разных настроек и файлов конфигурации, которые определяют проект. Можно ли пояснить, что это за настройки и файлы конфигурации? И вообще, в чем принципиальное отличие библиотек P-CAD и Mentor Library Manager?

подумай сам как ответить на такой общий вопрос?
для начала начни работать и уже в процессе многое прояснится


это как копейка и мерс ИМХО
для примера:
1.хотя бы использования одного Cell (корпуса) SOIC16 для операционных усилителей и серии 74
2.возможно создать шаблон платы с установленными разъёмами, via, заданными шириной проводников и зазорами по всем слоя, ограничениями и кучу всего остального

Если кратко:
1. Можно сказать что PCAD_Lib = Partition (раздел) в ЦБ
Соотвественно элементы ЦБ хранятся в разделах и ссылаются друг на друга. Поэтому нет необходимости дублировать информацию в разных разделах (да и LM в некоторых случаях просто не даст дублировать, если это например Part Number или символ\ячейка отличаются количеством\именами\номерами от уже существующих) и разделы можно создавать по разным принципам - для компонентов одни, для ячеек другие, для символов третьи и т.д.
При изменении символа будут автоматически обновлены все Part_Number (PDB) во всех разделах PDB в которых есть ссылка на него, тоже самое для ячейки. Если изменить padstack, то соотвественно обновятся все CELL его использующие и т.д.
2. Настройки ЦБ влияют на проекты опосредованно: например чтобы в схеме использовать какой-либо атрибут он (и его правила) должен быть прописан внутри ЦБ. Создать новую плату можно только на основе одного из шаблонов плат хранящихся в ЦБ. Изменение символа\компонента в ЦБ приведет к его обновлению на схеме.
Больше я не вижу каких-либо"влияний" ЦБ на проект.
3. Некоторые предпочитают внутри папки ЦБ создать папку для хранения там настроечных файлов проектов - таким образом передавая ЦБ кому-то можно не беспокоится о том что будет трудно работать со схемами созданными на основе этой ЦБ.