Таймер Т1 считает до 64 МГц от внутреннего PLL. С какой частотой может считать таймер 0 tiny461/861 по входу Т0? В даташите не нашел ничего на эту тему. Спасибо.

Как всегда - не выше половины от clkio.

Такое читал, но это связано с синхронизацией чтения-записи TCNT как я понял. Собственно вопрос если я подам на на Т0 ну скажем 20 МГц, будет он считать или нет? Или без синхронизации на вход не попадет?

На вход не попадет. Счет тоже синхронный, обязательно через схему синхронизации. Очень немногие микроконтроллеры имеют асинхронный счетчик (PIC16, например, но даже и там асинхронный только прескалер, с которого не может идти выше половины от синхронизации).

Насколько я помню любой МК из серии AVR-Mega имеет у себя на борту таймер с ассинхронным счетом

А, если про таймер 2 - у него есть режим асинхронного счета. Такой есть и во многих других (в тех же PIC16). Но там свои ограничения, для скоростного счета (больше тактовой) он не пригоден.