Не уверен что надо было сюда, но подходящего места не нашел.

Большие массивы данных (несколько массивов каждый около 600000 байт) стали причиной потери изначальных значений статических переменных в текущем файле. GCC 4.3.2 и 4.6.0
Кто-нибудь с таким сталкивался ?

При этом GCC-3.2.1 работает корректно

Предположение о вилянии массивов не верное.
GCC-3.2.1 по умолчанию помещает инициализированные нулем глоб. данные в data
а GCC 4.3.2 и 4.6.0 по умолчанию в bss.

Вопрос исчерпан.