Существует некоторое устройство на Atmega328, работающее от кварца 8МГц, возникла необходимость увеличить частоту до 12 МГц. Поменяли кварц и коэффициенты таймеров, I2C, SPI. Под другой кварц приходится делать отдельную версию прошивки, а этого очень бы не хотелось.

Наверное многие сталкивались, возможно ли на атмеге при инициализации программно определить частоту, на которой она запустилась и соответствующим образом изменить коэффициенты

Только если у него есть доступ к некой эталонной частоте. Иначе никак.

добавить перемычку на плату и паять ее в случае с 12 МГц кварцем - процессором проверять состояние:
- замкнута - 12 МГц
- разомкнута - 8 МГц

Честно говоря, не сталкивался) Точные интервалы формировал таймерами. Их настраивал для конкретной аппаратной платформы...

Эталонная частота есть, это WatchDog с собственным генератором.
1. При старте запускаете например ТС1.
2. Сразу же пускаете WatchDog. У него свой осциллятор. WatchDog настроить не на Reset, а на прерывание.
3. В прерывании по срабатыванию WatchDog прочитать счётный регистр TC1 и произвести вычисление.
4. Complete
Главное чтобы TC1 не успел переполнится за период срабатывания WatchDog.

Вот спасибо!
Попробовали, работает автоопределение