Вопрос такой: что нужно, чтоб запрограммировать конфигурацию, программу ниоса и еще один файл во влеш epcs не имея установленного квартус и ниос? Вообще изначально все уже прошито, но надо все эти файлы обновлять на компе без среды. Флеш-программер умеет работать без нее?

да, умеет. см. Appendix C. Stand-Alone Mode в мануале. понадобятся nios2-flash-programmer, Quartus Standalone Programmer, cygwin.dll (на компьютерах с виндой). утилиты-конверторы работать не будут, так что файлы *.flash нужно создать заранее

Programmer - отдельный бесплатный продукт. Можно скачать на сайте альтеры.