М-да... Было бы гораздо проще, если бы входное напряжение было одно. Ну да ладно.
Действительно, если можно запитаться от суммы этих двух напряжений, т.е. от 40...60 В, то вот вариант попроще, и с КПД чуть получше.
Надо взять любой стандартный синхронный понижающий контроллер (если он не на 100 В, то тогда надо будет немного решить проблему с его питанием) и три двухобмоточных дросселя, и сделать из этого синхронный флайбек на два выхода.
Для этого, верхний (плавающий) N-MOS ключ жёстко посадить на землю контроллера, и раскачать им первичные обмотки пары дросселей, включённые последовательно.
А вторичную обмотку каждого из этой пары дросселей подключить холодным концом вниз, чтобы по минусу синхронно выпрямить парой других N-MOS ключей, затворы которых подключить через плавающие конденсаторы к выходу выпрямителя контроллера.
Каждой обмоткой третьего дросселя надо зашунтировать вторички первых двух, для равенства выходных напряжений. Ну и, как дополнительный накопитель, он тоже в расчёте.
Обратную связь от нагрузки, висящей где-то над землёй, можно сделать по схеме, аналогичной показанной
здесь.