Микроконтроллер at91sam9g20. Некоторые платки не запускаются без кабеля usb. Причем работают, если просто вставить кабель, даже без подключения к компьютеру. Используется стандартный загрузчик от atmel. С чем это связано?

Питание от USB. На отладке обычно можно выбрать от чего идет питание, от внешнего разъёма питания или от USB

Питание осуществляется от импульсного источника, к томуже провод УСБ вставлен одним концом в плату другой конец висит в воздухе, может это влияет отсутсвие резисторов Rext на шине DP и DM, хотя они влияют только на скорость обмена, вопрос остается открытым.

Забыл сказать, используется не отладочная плата, а плата разработанная на нашем предприятии.

Возможно где-то на плате есть "висящие" высокоомные концы (пардон за мой французский) микросхем/процессора. Когда подключается USB кабель, усиливаются наводки на массу и питание (если предусмотрено питание от USB), что, возможно приводит к более устойчивому состоянию тех или иных анализируемых входов, что в итоге влияет на запуск/исполнение программы.