Вопрос, собственно, вот в чём: правильно ли я понимаю, что любой уровень CRP (CRP1, CRP2, CRP3) перекроет мне доступ к чипу по SWD?
Как же тогда стереть чип, если что, только через ISP (последовательный порт или USB)?

Пробовать на живой плате как то страшновато, неохота потом его (чип) перепаивать

нужно иметь в программе механизм, по которому активизируется Ваша функция, которая и сотрет флеш, используя IAP
Что это будет за механизм - решать Вам. Или проверка какого-то пина, или прием какого-то хитрого пакета по UART/USB/SPI/I2C или еще как...

Похоже я не совсем ясно выразился . Я имел ввиду например такую ситуацию: надо перешить защищённую микросхему штатно, в условиях мастерской. Городить бутлодырь не очень хочется. Хотелось бы просто через SWD стереть все к чёрту и залить нечто новое.

Или такое возможно только из уже прошитой программы? Очень хочется и защиты чипа от чтения и возможности легко перешить все.

как обычно - ртфм
црп установлен - нет доступа от житага, через сколько тактов - ртфм
в Вашем случае - сдуть проц и впаять новый
или платить $$ и заказывать в китае срез кристалла