Наверное глупый вопрос, но контроллеры с 5 фьюзами я не прошивал.

Описание установленных фьюзов в AVRStudio
Fusebyte0 - 0xFF
Fusebyte1 - 0x00
Fusebyte2 - 0xFE
Fusebyte4 - 0xFE
Fusebyte5 - 0xEB

Запускаю из консоли со следующими параметрами, правильно указаны фьюзы в консольной записи?

jtagiceii.exe -d ATxmega64A3 -e -pf -if -f00FF -F00FF -EFE -GFE -XEEBFE -XVEBFE flash.hex

Неужели никто не может помочь?

А как Вы думаете, можно по названию темы понять, что Вам помощь нужна и по какому вопросу ?

Вы DS читали? Если читали , то должны знать , что Fuses устанавливаются в 3-х байтах Старший Младший и Расширенный, один байт это скорее всего байт защиты прошивки - LOC байт.
Где Вы нашли 5-ый понятия не имею и предположить не могу. А уж используя Студию - и не найти в ней установку Fuses - нонсенс.

Название темы поменяю.
Читал потому и пишу про 5. Для atxmega64a3. Нет под рукой спека, но есть вот такой калькулятор в котором они все расписаны http://frank.circleofcurrent.com/fusecalc/...hip=atxmega64a3
Основной вопрос в том не перепутал ли я порядок записи в консольной команде