как выглядит инициализация массива во внутенней флешь под IAR?

__flash short x[3] = {1,2,3}; // прокатит?

Точно не помню уже, возможно прокатит просто static const.
Ещё есть разные #pragma - почитайте IAR Compiler Reference

Вот так работает:
#pragma location = 0x1000 // у 2132
const short x[3] = {1,2,3};

Учтите, что в MSP430 во флешке храниться ещё и настроечные коэффициенты, располагаются в конце.

const short x[3] = {1,2,3}; // будет достаточно

Точно. Это я с информационной памятью попутал.

Пишу
#pragma location = 0x1000 // у 2132
const short x[3] = {1,2,3};

И нигде в памяти не могу найти эти данные. В чем может быть проблема?
Какие вообще стандартные варианты записи и чтения блоков памяти в IAR на Си?

Это так оптимизация в компиляторе срабатывает. Он подставляет значения констант по месту их использования, а сам массивчик выкидывает за ненадобностью. Вот там я описывал один из обходных путей самоуправства компилятора.