В Part Developer рисую компонент с указанием номеров пинов и их изображением на элементе, а на схеме в PCB Design они оказываются без них. Подскажите, это особенность программы или я не могу найти где это включается.

РИСУЯ символ в ПД Вы НЕ МОЖЕТЕ указать номера пинов. Они там отсутствуют как класс. Есть _имена_пинов_. Номера пинов компонентам приписываются уже на схеме в соответствии с таблицей упаковки(вкладка Package Pin раздела Packages) в двух случаях - при "упаковке" схемы(операция Export Physical), и при "секционировании" символа(ПКМ - Section - Section).
Почему так: идеология Design Entry HDL допускает неограниченное число вариантов упаковки(маппинга) компонента(точнее наверно ограничено, но у меня макс. в районе 80 таблиц на компонент было - до ограничения не дошло).
Простейший пример - какая-нибудь элементарная логика в корпусах разного типа: символ один и тот же, но кол-во секций в корпусе может быть разным, нумерация пинов также может совершенно отличной(в ДИП/СОИК 1,2,3...14, в БЖА А1, А2, В1.......). Поэтому имеется возможность нарисовать один символ и "упаковать" его в разные корпуса с разным маппингом в рамках одного библиотечного компонента.

ЗЫ Да, поначалу трудно понять, но потом очень удобно использовать, если правильно...

Я думал что в ПД в Setup->Symbol Pins->Properties PIN_NUMBER это и есть номера пинов. Стоит ли тогда использовать это свойство?

Не так... В Setup, как и положено такому разделу, содержатся _установки_. В данной таблице, как видно из названия, задаются дефолтовые свойства, которые будут добавлены автоматом ко всем пинам, добавляемым в компонент.
А сами пины добавляются совсем в другом месте:

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Почитайте доки. Особенно советую Tutorial -> Part Developer.