Добрый день.
Есть контроллер AT90USB162-16AU. В нем зашит заводской бутлоадер (для программирования по USB) и зашита прошивка (зашивал не я). ФЛИП атмеловскийй не дает возможность считать прошивку, похоже что по умолчанию с завода на контроллере установлены биты, запрещающее считывание прошивки. Возможно ли, используя JTAG, ISP либо чтото еще сбросить эти биты и всетаки вычитать прошивку (flash)?

Нет
P.S. Впрочем, в интернете можно найти "конторы", которые говорят что, вычитывают защищенные МК. Просят за это - немеренные деньги...

Да, я только что вычитал, что есть какие-то типы, которые на 500$ растворят чип кислотой и лазером поменяют потенциал (полярность?) фюза. Это реально, или пальцем в небо и никто этим на самом деле не занимается, а только теория?

to Gogan попробуйте здесь:Оригинальный считыватель AVR I
И черкните если получилось

Разработчики МК тоже могут пользоваться интернетом, и они в курсе таких "умельцев" и, конечно же, при проектировании пытаются максимально затруднить этот процесс... Хотя - теоретически - может быть, присутствует и способ, который разработчики не предусмотрели... Но, это - теоретически...

Эта дыра в защите давно закрыта.