Подскажите почему линии Rats соединяют не ближайшие SMD пины одной Net, а начинаются с установленной где-то via той же Net? Можно ли это исправить?

Такая логика: раз есть трасса и на ней есть переходное - значит именно отсюда предполагается тянуть цепь дальше. Если на пин(или трассу) добавить отвод - перекинет rat на него.
А вообще в новой версии есть баги с определением откуда и куда должны идти rat. Ваш случай не самый показательный.

Попробуйте поиграться настройкой Ratsnest geometry. В новых версиях не знаю, где она, а в 15.х это setup - drawing options - display

Нет такого раздела в новых версиях. Одна настройка Rats_Factor в Setup -> Route -> Connect.

Нет в 16.5?
В 16.3 все на месте
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

А, эти настройки есть, только сделать так, как хочет ТС они не позволяют.