Вход тянулся бы туда, куда подтяжка. Если внутренне сделать подтяжку (не помню - есть ли такая возможность в MAX7k) к нулю, а внешне тянуть к питанию, то при равных сопротивлениях возможны различные эффекты.
Я всегда стараюсь избегать не подключенных неиспользуемых входов, делаю их выходами - у них меньше сопротивление и убить статикой их сложнее. Однако, есть такая неприятная особенность, что если случайно залить прошивку с назначенным выходом лог. 1, а внешне посадить его на ноль, то некоторые семейства CPLD просаживают своё внутреннее питание и по этой причине становятся нечувствительны к jtag-подключению.
Так же мало приятного в том, что жёстко назначенные выводы будут испытывать на себе действия, подобные вашим

- к нулю подключили, к питанию...
Описываемый Вами эффект, наверное, можно получить сделав следующее:
назначаем выход открытым коллектором (снаружи подтяжка к питанию)
ставим драйвер типа TRI, на него внутри заводим лог. 0, а на управляющий вход заводим инверсный сигнал от значения на этом пине.
Что получили? Допустим, сейчас драйвер открыт и мы выдаём 0. Кто-то замыкает его на питание - мы считываем лог. 1 с пина, инвертируем её и подаём на управляющий вход, отключая драйвер. Теперь он закрыт и выход тянется к питанию. Снаружи снова замкнули на лог. 0 - мы открываем драйвер и тоже выдаём ноль. Таким образом, мы всегда либо в нуле, либо в питании, в зависимости от внешнего подключения и избегая длительных КЗ.