Если вы про синтез С-кодов, то в результате вы получаете аппаратное исполнение вашего алгоритма, написанного на С.
Хотите - исполняйте ваши программы процессором, хотите - в ПЛИС.
МС в этом смысле, вроде, и не причем. В реальной связке - каждому свое.
Что вас смущает конкретно?
Есть еще конфигурирование процессора под конкретные с-коды, например
Tensilica