В схеме один мк и одна fpga после подачи питания сигнал сброса и клока сначала поступает на плис, а после с плис через 100мс может до 1с поступает на мк, какие могут быть подводные камни если мк будет с питанием и без клока в состоянии сброса?

Как это говорилось - утром деньги - вечером стулья, но деньги вперед. Совершенно все равно, что твориться на МК в момент сброса, но перед его снятием должно пройти некоторое количество клоков. Обычно указано в описании.