Конкретные ответы.
Цитата(Itachi @ Nov 10 2011, 17:48)

Меня интересует когда конкретно таймер начинает считать.
Таймер А считает
всегда при выполнении условий:
-
источник тактирования таймера, выбранный битами TASSELx в регистре TACTL,
активный;
- с помощью битов MCx в регистре TACTL
выбран любой из режимов счета, отличный от MC_0.
Цитата(Itachi @ Nov 10 2011, 17:48)

И когда конкретно заканчивает
Никогда, пока выполняются оба перечисленных условия.
Цитата(Itachi @ Nov 10 2011, 17:48)

(доходит до нужного значения)
Это очевидно - один раз за (полу)
период счета. (полу)Период счета в режимах MC_1 и MC_3 задается значением регистра CCR0. В режиме MC_1 с помощью CCR0 задается период, в режиме MC_3 - полупериод. В режиме MC_2 таймер считает до своего естественного переполнения (до 0xFFFF).
Цитата(Itachi @ Nov 10 2011, 17:48)

и как это окончание работы таймера обработать.
Вопрос формулирован некорректно, поэтому однозначного ответа дать не могу. Таймер считает всегда при выполнении двух условий. При счете инкрементируется (или инкрементируется/декрементируется в зависимости от выбранного режима) содержимое регистра TAR. При переходе состояния TAR к значению 0x0000 (при переполнении или при декрементном счете) устанавливается флаг TAIFG и может вызываться прерывание, если оно разрешено битом TAIE.
В режиме сравнения (compare mode) при совпадении содержимого каждого из регистров CCRx со значением TAR происходят события, которые можно обрабатывать по-разному, в зависимости от того, как именно вам требуется. Событие совпадения CCRx и TAR вызывает установку флага CCIFG в регистре TACCTLx и вызов прерывания, если оно разрешено битом CCIE. Также это событие может вызывать изменение состояния выхода TAx, если выбран режим OUTMODx, отличающийся от OUTMOD_0.
В режиме захвата (capture mode) при изменении сигнала на входе CCIx происходит "захват" значения TAR, которое записывается в соответствующий регистр CCRx.
Вообще если проводить аналогию с аналоговой схемотехникой, то таймер это генератор сигнала пилообразной или треугольной формы. В режиме совпадения в таймере работают "компараторы", к одному из входов которого подключена эта "пила", а на втором устанавливается порог срабатывания в соответствии со значением регистра CCRx. В режиме захвата в регистрах CCRx фиксируется уровень "пилы" в момент стробирования по входу CCIx.
Все это подробно описано в руководстве (User's Guide) и почему у вас не получается воспринять эту информацию мне не очень понятно