Вы использовали самый замысловатый режим работы этого АЦП да еще и с использованием модуля переноса данных. К сожалению, все мои немногочисленные попытки использования модуля DTC в этом АЦП окончились без успеха.

Так что "точного диагноза" я поставить не смогу. Могу лишь порекомендовать вместо использования режима
непрерывного преобразования последовательности каналов использовать режим
однократного преобразования последовательности каналов, перезапуская каждый раз преобразование АЦП прямо в прерывании.