Считываю с частотой 1 Гц vTaskGetRunTimeStats();
Иногда получаю, что всякие задачи имеют процентное время 870%, 254% и т.п. Потом вновь постепенно приходит к более-менее правдивым показаниям. И так повторяется с некоторым промежутком. Проверил с помощью отладчика -действительно прямо сразу после вызова vTaskGetRunTimeStats() в буфере лежат такие косячные цифры процентов.

PS. Оказывается делал все правильно... почти.. ) При инициализации таймера для статистики необходимым словом запрограммировал не Prescale register, а Match Register.