В схеме могут применяться GPS приёмник или EB-500, или Quectel L10. На схеме это как отобразить более менее понятно. А на плате полигоны EB-500 можно разместить между полигонами L10, вот только потом при проверке правил мне выскакивает целый рой ошибок. Как правильно это обойти?

1. игнорировать, если с Вашей точки зрения правильно
2. Все же более верно писать сложные и длинные правила и проверять их действие. А здесь помощников мало. Нужно знать проект, что бы советовать

если на схеме сделано правильно, то есть нарисованы оба модуля и соединения запараллелены, то единственные ошибки которые могут быть это component clearence, ну или как-то так, и для этой конкретной пары микросхем можно сделать дополнительное правило игнорирующее это.