Какую элементную базу выбрать для разработки оптоволоконной линии связи? Расстояние небольшое, скорость вообще непринципиальна. Нужно соединить блокив шкаыу с возможностью выноса блока на некоторое расстояние. Какие разъемы выбрать для подключения кабелей?

Все зависит от того, какие у Вас требования по механике - устойчивость к вибрации, стоит это все в чистом помещении или кабели валяются под ногами в грязи и пр. И, опять же, вопрос цены. Если серьезных проблем с механикой нет - берите пластиковое волокно и приемник с передатчиком врозь, каждый с разъемом под неоконцованное волокно. Как пример IF-D91 и IF-E98. Есть еще куча вариантов на меньшие скорости. Другой вариант - аудио стандарт TOSLINK (TOXT-147 и TORX-147). Это уже оконцованные кабели. Здесь одна проблема - не работает от 0 по скорости. Еще вариант - разъем SMA (не путать с одноименным RF). Этот - оптический дуплексный. Под него есть трансивер TODX-2402 и у Молекса еще несколько деталей быстрых. Что-то есть медленное, но я не искал.

Оборудование может быть напольный, то есть, установленным в поле. Будут испытания на виброустойчивость. Вопрос цены особого значения не имеет.
а что такое "неоконцованный" кабель? И какие разъемы выбрать?

Диоды посмотрел, они уже с разъемами, вопрос отпадает.
Какие драйверы для них лучше применить и какой интерфейс/стандарт связи? Есть ли общепримениемые какие-то для оптики?

Там в этих диодах разъем - цанга, которая просто зажимает аккуратно обрезанный кабель. Это годится для внутриблочных соединений, но плохо когда отсоединенные кабели начинают валяться под ногами.
Драйверы для диодов - если скорость маленькая (до 20 МГц), то любые - например, питать от логики через резистор. Специализированные нужно применять при высоких скоростях.