Применяю Cyclone II и некий МК. Для связи между ними использую двунаправленную шину. Чтобы во время отсутствия передачи данных через шину выводы не болтались в воздухе хочу использовать... А что не могу выбрать. Разницу между Bus Hold и Pull-up понимаю, а выбрать всё равно не могу. Может подскажете в каких случаях что лучше включить?

BusHold определенно лучше в этом случае, т.к. она держит шину всегда в последнем состоянии. Если включить Pullup, то при бросании шины в нуле будет медленное нарастание напряжения, что современные детали очень не любят.

Интересно, а зачем тогда производитель оставил Pull-up в современном Cyclone II?

Кажется понял :-). До конфигурирования и во время все выводы имеют включенные pull-up резисторы. Похоже поэтому Altera и оставила возможность пользователю включать-выключать подтягивающие резисторы.

А что пины FPGA могут использоваться только для связи с микроконтроллером?
Имхо полезная весчь, чтобы не паять pull-up'ы на плате.