Првиет При попытке использования NIOS 9.1 sp1 при Quartus 9.1sp2, выдается такое предупреждение:
В переводе означающее, что версии различны и нужно прежде инсталлировать...или нет, вернуться к прежнему сервис паку...
Короче запутался...
Стоит ли мне дальше продолжать генерить проект, или ничего не получится?

Лучше всего писать полный текст ошибки, которую выдает программа, или же выкладывать скриншот. Телепаты,увы, в отпуске.
Если есть рабочее железо, то можно сгенерировать проект и проверить как он будет работать. Это всё таки предупреждение, а не ошибка.