В доке га чип ep1c3 есть схема подключения для
Download Cable
(AS Mode)
10-Pin Male Header
И
Download Cable
(JTAG Mode)
10-Pin Male Header (top View)
Понимаю один разъем JTAG для отладки без загрузки во флэш и один для программирования флэш epcsi, нужно оставить только один разъем вопрос какой? схема будет работать без компа может один раз в месяц может больше ее нужно будет перепрошивать с ноута.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Вот ее оставьте.
Программировать флешку будете при помощи JTAG Indirect Configuration.

Понятно спасибо за консультацию.
Еще вопрос остались не присоединенные
INIT_DONE
CRC_ERROR
CLKUSR
nCEO
DEV_OE
DEV_CLRn

Куда их лучше присоединить или может что к ним присоединить может в будущем пригодиться для удобства обслуживания, или оставить не присоединенными ?

Резисторы уменьшите до 1к.

INIT_DONE - сигнализирует о переходу устройства в user mode. Кроме того можно использоваться как обычный пользовательский пин, можно вообще не использовать (рекомендуется через 10кОм к VCCIO).
CRC_ERROR - опциональный пин, можно использовать для детекции ошибок в конфигурации.
CLKUSR - можно использовать для синхронизации конфигурации нескольких устройств. Кроме того можно использоваться как обычный пользовательский пин, можно вообще не использовать (тогда к земле).
nCEO - для последовательной конфигурации нескольких устройств в цепочке. Можно не присоединять.
DEV_OE - Опциональная внешняя нога для перевода пользовательских пинов в третье состояние. Если не используется - на землю.
DEV_CLRn - Опциональная внешняя нога для сброса (обнуления) регистров в схеме. Если не используется - на землю.

Спасибо, еще один вопрос те пины которые будут не использованы (io) как правильнее присоединить к земле, оставить не подключенными?
Вход синхронизации схемы будет на CLK0, другие устройства которые будут синхронизироваться от плис только с небольшим делением, к какому пину лучше присоединить эти устройства, или без разницы?

ну или кто как делает ?

На CLK0 подается сигнал клока, остается CLK1 его использовать не буду куда его присоединить думаю на землю?

Чтобы не гадать, Квартус Вам в рапорте *.pin дал все рекомендации в соответствии с Вашими установками в пакете.

Неиспользуемые пины Альтера рекомендует сажать на землю, типа так уменьшается SSN и улучшается SI. Мы делали платы и с неиспользуемыми ногами просто никуда не присоединенными. В любом случае, соответствующие настройки проекта в Квартусе должны быть выставлены в соответствии с реалиями конкретной платы (Device -> Device & Pin Options -> Reserve unused pins).
Советую посмотреть:
http://www.altera.com/support/kdb/solution...222009_914.html
http://www.altera.com/support/kdb/solution...292005_106.html
http://www.altera.com/support/kdb/solution...212009_943.html

Еще не поставил, скачиваю. Можно наверно в самом квартусе установить куда присоединен пин к земле или VCC ?