Предполагал использовать EPM240T100 у которого 80 I/O пинов.
Проэкт проект вырос и теперь нужен EPM570T100 а I/O пинов унего оказывается 76!
В проэкте проекте необходимо 77 ног одной всего не хватает.
Возможно ли использовать хотябы одну ногу JTAGa как входной сигнал для проэкта проекта
и при этом сохранить возможность программирования чипа по JTAG ?

нет.

Если еще осталось 80 свободных элементов, можно поставить "Virtual Jtag".
Тогда в проекте будут доступны TCK,TDI и TMS. Я думаю, два из трех, можно
использовать в своих целях.

Ясно.

Ясно.

Склоняюсь к переходу на TQFP144 на всякий пожарный, а то вдруг завтра и 570-го не хватит

Немного добавлю...
В Ethernet трансиверах дклают так. Чтобы задать режим работы выходы на светодиод во время действия сигнала "сброс" используются как входы. По снятию сброса во внутренних регистрах производится запоминание уровней на этих входах. Т.е. если у вас есть входы, которые задают режим работы, то тут можно их скомбинировать с выходами.
правда по жизни, если нет запаса, то это обязательно скажется...
Удачи!