В даташите 32058J–AVR32–04/11 на стр.63 сказоно, что есть 6 generic clocks.

А регистр GCCTRL только один.

Как это понимать?

Каким generic clocks управляет этот регистр?

Как настроить остальные generic clocks?

На самом деле регистр управления GCCTRL не один, а их столько же, сколько generic clocks, конфигурируйте GCLK например так:
AVR32_PM.gcctrl[x] = ..... , где х - номер generic clock.

Видимо в таблице регистров управления от PM ошибочно один адрес для GCCTRL указан.....

И где взять правильную таблицу адресов? Часто у атмела так бывает с документацией?

Из информации из ASF библиотек можно составить, а надо ли?

Если пишите на С в студии, то в Ашниках уже всё есть.