Скорее всего вопрос глупый, но для очистки совести задам

Возможно ли из прошивки FPGA динамически изменять параметры буфера ввода\вывода: slew rate, on-die termination итп?

Вообще-то нельзя. Но можно частично переконфигурировать кристалл на ходу.\
Дело это непростое, но реализуемое. Курите даташиты на тему partial reconfiguration.