while(code==2);
Будут ли, во время работы этого цикла, работать прерывания, пока code не будит равен 0?

Прерывания зависят только от их разрешённости.
Для пущей аккуратности можно написать "while (code == 2) continue;".
Если code не объявлена volatile, при ненулевом уровне оптимизации цикл будет соптимизирован напрочь.