Имеются две платы.
Первая - SMT101-FX30 от Sundance с Virtex-5 на борту, имеющим аппаратный блок PCI express. В качестве прошивки пробую два варианта - поставляемая производителем платы, обеспечивающая поддержку PCIe x1, и сгенерированая core generator'ом на PCIe x4.
Вторая - процессорная плата MSM945P от Digital-Logic, c воткнутой в нее SMX945B-L7400, установлен Linux.

Платы соединены между собой по PCI express. Если быть точным физически соединены вместе, однако ввиду моих слабых знаний как в PCIe, так и в Linux, не могу понять как заставить их увидеть друг друга. Насколько я понимаю, инициализацию платы с плисом должен был осуществить биос при загрузке процессорной платы, и, если прошивка правильная, я должен был бы увидеть в системе некое неопознанное устройство (пока для него отсутствуют драйвера). Однако по lspci ни слова про PCI express нет, в ветке sys/bus/pci_express/device/ пусто. Со стороны плиса пытался подцепиться ChipScop'ом, но ни среди управляющих сигналов (наподобие start_of_frame), ни среди конфигурационных никакой активности не нашел, все висело в дефолтном состоянии.

Буду благодарен за любую наводку на путь истинный от тех, кто уже соединял эти или подобные платы, или может быть обладает даром предсказания. Как можно обнаружить пытались ли платы обмениваться данными, включен ли PCIe на процессорной плате, с чего вообще начать?

Да. Но прошивка в FPGA уже должна быть загружена к этому моменту
Нет, только PCI устройство (не PCIe!)

И не будет, ни там ни там. Ищите в выдаче lspci ваше устройство по Vendor ID:Device ID (lspci -n)

Это делать уже поздно, активность будет только при старте системы

Плата с плисом питается от pci express, поэтому стартуют платы одновременно. Прошивка естественно подгружается из флешки, как уверяют разработчики платы, в течении 70 мс. Не знаю точно через какое время после старта биос начинает опрашивать устройство, в chipscope я пытался ткнуть слежение почти сразу же после подачи питания, но как уже говорил безрезультатно.

lspci -nn выдает только список своих внутренних контроллеров, usb, isa и т.д. Касательно pci там одна строчка:
00:1e.0 PCI bridge [0604]: Intel Corporation 82801 Mobile PCI Bridge [8086:2448] (rev e2)
lspci -t показывает наличие некого устройства на нем:
+-1e.0 - [01] ---- 08.0
однако при ближайшем рассмотрении оно оказывается ethernet контроллером. И вообще, кроме интеловского VID'а 8086 по lspci ничего нет.

Единственное что известно о наличии соединения - плис моргает светодиодом, показывая наличие тактов по PCIe. В остальном есть большие сомнения что процессорная плата вообще пытается завязать с ним разговор. В биосе настроек для PCIe - пшик, вроде бы все там перепробовал.

Увы, значит прошивка в ПЛИС не опозналась BIOS'ом как PCIe устройство. А физический линк PCIe точно нормально сделан?

По крайне мере питание и тактовый сигнал точно доходят. Очень не хочется верить что Sundance поставляют нерабочую прошивку для своей платы. Я акцентировал внимание на конкретных названиях плат, думая что имеется какая-то хитрость, с которой возможно уже кто-то сталкивался.

Дабы тема не висела без ответа (вдруг кто-то еще столкнется):
Плата MSM945P от Digital-Logic имеет на разъеме PCI/104 express шину х16 не общего назначения, а PCI Express Graphics (PEG), которая может работать исключительно в режиме х16 (не масштабируется), и, возможно, как-то еще заточена только под видеокарты.

Соединить платы удалось посредством одного из линков х1, которые также присутствуют на разъемах PCI/104 Express.