Имею кв. генератор с выходом LVDS, клоковый мультиплексор для распараллеливания такта и АЦП. Хочу все это дело разместить на верхнем слое. Беда в том, что если разводить диф.пару, то не получается напрямую подсоединить ножки (см. рис.). Можно-ли вых. ножку генератора OUT_P соединить c IN_N клокового мультиплексора и соответсвенно OUT_N с IN_P ? То же самое с АЦП?

Ну конечно же можно, N и P это условные обозначения для сигналов LVDS, а уровни и импедансы одинаковы, если конечно для вас не важна фазировка этого тактового сигнала.

Т.е подсоединяю как на рис. и все Ok? Согласно LVDS, ток течет по P- ветви к потребителю, а возвратный ток течет по N ветви. А если в микросхеме предусмотрена защита?

В первые 180 градусов именно так, во вторые - наоборот. В данном случае вы просто дважды поворачиваете фазу тактирующего сигнала на 180 градусов.

Стандарта LVPECL это тоже касается?

Его величеству переменному току, знаете ли, фиолетово LVPECL это или нет.
http://www.analog.com/static/imported-file...ts/ADCLK946.pdf
Стр 7. Там нарисовано, что представляет собой тактовый сигнал.