Внезапно обраружил, что не могу перешивать прошивку через стандартный USB DFU, если создаю проект в 5 студии. В avr32studio загрузчик сам прикручивался к программе и проблем не было. В настройках 5 студии ничего не нашел Кто нибудь справился с проблемой? Поделитесь опытом пожалуйста.

Пользуюсь для прошивки FLIP с командной строки. Вообще никаких проблем.

так и я пользовался , вот только после перехода на 5 студию эта возможность отвалилась. Порыскал по форумам, создалось впечатление, что вопрос пока не решен. Можно конечно установить avr32studio, но это криво, да и формат проектов несовместим. На старую студию возвращаться что то не хочется, но придется похоже

Зачем?!
FLIP устанавливается, как отдельная программа.
flip.exe с AVR32 не работает, но можно использовать batchisp.exe с командной строки.

Например,
batchisp -device at32uc3a0512 -hardware usb -operation MEMORY FLASH LOADBUFFER prog.hex PROGRAM START RESET 0

Напишите bat-файл и пользуйтесь.

Я все так примерно и делаю. Дело в том, что в 5 студии отсутствует возможность залить загрузчик(конечно, если его предварительно удалил). Приходится это делать из ком строки либо ставить avr32studio и заливать загрузчик из под нее, что неудобно. Я проблему решил, но весь этот танец с бубнами мне не нравится