Есть проект, предусматривающий два варианта - минимальный и максимальный.
В минимальном некоторые "фичи" просто отсутствуют, железо тоже разное.
Проблема в том, что оба варианта на разных процессорах - минимальный на М3, максимальный - на М4. (конкретно atm32f1 и stm32f4).

Очень много кода, общего для двух проектов, и естественно не хочется его дублировать в двух отдельных проектаз (а потмо незабыть копировать после изменений), но много и раздельного. Кое-что конечно можно разрулить девайнами, но как разрулить разные файлы драйвов, разные CMSIS и т.д.?

Как это сделать наиболее грамотно?
Я предполагаю так:
- в директории проекта создать несолько каталогов с общими файлами.
- там же создать отдельные каталоги для двух комплектов драйверов.
- два каталога CMSIS.
- создать два файла проекта с разным "деревом" файлом и настройками.

Правильно, или есть другие варианты?

Можно и один проект с несколькими конфигурациями. Но лучше два отдельных, как мне кажется.

Много бодался с аналогичной проблемой, но в итоге объединил несколько проектов в один ворксрейс, одинаковые файлы не дублируются.
Ну и SVN.

Я как раз так делаю.
Оба проекта находятся в одном воркспейсе. Хотя компилер - ИАР.

А в одном проекте с разными конфигурациями это гемор какой-то.