При переполнении счётчика 1 выставляются 2 флага прерывания;
по переполнению и по совпадению,это нормально ?

ATmega16L

Если это нормально ,то как мне только совпадение отработать ?
маску что ли поставить ?
-----
По-моему это не правильно...
И в доке не нашёл упоминание что оба эти флага выставляются одновременно.

Вполне такое может быть: регистры таймера легко установить (зачастую, они установлены по сбросу) так, что оба флага будут устанавливаться...

Чтобы обрабатывать только совпадение, то разрешите прерывание по совпадению (если программа работает с таймером по прерываниям) или не обращайте внимание на флаг переполнения (если - поллинг).