OCF1B тоже сам не сбрасывается
только флаг переполнения TOV1 нормально сбрасывается.
Может есть какие-то тонкости ?

В ручную очищается.

-------
ATmega16L
подключился через житаг
отладка в студии 4

А в прерывание-то по OCF1A заходит? Ведь только при обработке этого прерывания сбрасывается!
И еще возможно, что пока вы ходите по шагам, возникает новый запрос на прерывание. Попробуйте просмотреть работу программы в симуляторе, когда все действительно останавливается и таймер считает неторопливо, в такт с хождением по шагам.
Еще есть где-то опция в эмуляторе, останавливающая счет таймера, когда ходим по шагам, но я ее толком никогда не проверял.

да, заходит.
Скорее всего чип глючный .
Сегодня проверю.