Кто-то может подсказать как прошить AT91SAMG20 используя IAR и Jlink. В J-link ARM данный контроллер не подерживается. Код должен лежать во внутренней ROM. Флэшки внешней нет, USB на плате тоже нет.

ROM прошить нельзя, на то она и ROM.

То есть мне в это контроллер вообще программу не залить? В ROM тогда что лежит? Bootloader? Иначе вообще зачем она? флэша на борту я не вижу!

ROM - Read Only Memory. Обычно в безфлешевых контроллерах в ROM лежит загрузчик, а прикладное ПО должно грузиться извне.

Почитайте про booting modes в даташите, а там уж и выберете какой из возможных носителей ставить для загрузки.
А что грузить собрались? Кстати, что за странная плата где нет ни флешки, ни USB?