Добрый вечер.

Подскажите, пожалуйста, как указать AVR Studio 5, что текст программы необходимо будет разместить в области бутлоадера (чтобы компилятор правильно сформировал hex файл)?

Заранее спасибо.

Добрый) Только не компилятор, а линкер. Поэтому в настройках линкера (linker) необходимо указать, что секцию .text нужно разместить с адреса... какой у Вас там адрес?)
Поскольку у Вас AVR Studio, то, полагаю, что найстройки делаются через меню... Я ей не пользуюсь, точно сказать не могу.
Кстати, у Вас Си/Си++ или ассемблер?

Пишу на СИ++.. МК Atxmega192A3. В даташите не нашел информации по адресу начала бутобласти. Подскажите, пожалуйста. Я недавно начал работать с AVR Studio, в настройках сразу не видно было.. посмотрю еще раз.

В настройках не нашел возможности изменить расположение программы. Неужели никто не сталкивался с этим??

С Xmega'ми не работал... Но в документе "XMEGA A MANUAL" есть раздел "Memory Programming". Полагаю, что Вам следует его смотреть...

Думаю для xmeg стандартно: для Atxmega192A3 - на application section 192kB. дальше бут(4 или 8 кБ).

В документе "8/16-bit XMEGA A3 Microcontroller" пункт 7.3 In-System Programmable Flash Program Memory.