Для чего закрывают микросхемы и многие элементы металлом в сотовых телефонах и многих ВЧ устройствах? И как правильно это сделать?

Для ослабления всяких паразитных связей между элементами и тем самым ослабления взаимных помех и самовозбудов. На частотах до 100MHz можно обойтись простыми перегородками, выше 100MHz должны быть коробки или колпачки, выше 1000МНz щели в экранах нежелательны.

Любая ВЧ схема имеет свойство излучать в окружающее пространство. Для того, что бы элементы не мешали друг другу(EMI) их экранируют. Способ выполнения экрана зависит от частоты и требований, лучший вариант это накрывать полным экраном, но он дороже, чем, скажем решетка, которая до определенных частот тоже годится.
Экранировать в часности нужно для того, что бы устройство могло пройти тесты на электромагнитную совместимость (EMC), которые необходимы для вывода устройств на рынок.