Писал программу, подключил LCD 16х2, запустил 2 прерывания по фронту, начал эксперементировать с таймером, и тут по экрану стали идти непонятные символы, покомандный дебаг срываться. Некотрые готовые примеры тоже не реагируют на кнопки и светодиоды. Один пример SysTic мигает светодиодами.

Мог сжечь что то в контроллере? ... где искать причину? ... среда разработки Jar

А кто ж его знает ? Эти примеры рассчитаны на какую-то вполне определенную отладочную плату со вполне определенной обвязкой МК и кварцем. Если у вас плата соответствует той плате, для которой писались примеры, то все должно работать. Могут не работать какие-то мелочи, вроде Suspend на USB, но в целом эти примеры работать обязаны ...