Подскажите, из-за чего после экспорта в гербер сам PCB документ разваливает все компоненты на пады и дырочки, а полигоны превращает в polygon region которые даже не отображаются в соответствующем менеджере?
Возможно ли сделать обратное преобразование, чтобы можно было внести правки в PCB по-человечески?

Ничего он не разваливает. Гербера формируются в отдельных файлах
Файл PCBDOC при этом не изменяется. Соответственно там ничего развалится не может

Если не знаете ответ на вопрос - не нужно отвечать. Если вопрос задан не корректно - задайте, пожалуйста, уточняющие вопросы.

В моем случае сделана разводка, после чего сделаны гербера в отдельных файлах. После чего при открытии PCBDOC из проекта пишется "Export to STEP failed" и документ открывается в виде падов и polygon region - без возможности человеческого редактирования. Если беру предыдущую версию разводки из history - всё отлично открывается и можно производить все необходимые действия.

А его никто не знает
Ключевая фраза "Export to STEP failed' не имеет отношения герберам.
У вас просто вылетела программа, и при этом запортила файл.
Это может быть при любых действиях
Радуйтесь. Для этого History и существует.
Еще рекомендую архивировать проект полностью, при прохождении определенных этапов.
Очень способствует при таких ситуациях

Я тоже так подумал. Однако, такая ошибка возникала несколько раз причем именно после экспорта в гербер и я подумал, что я что-то делаю не так (неправильно сконфигурировал что-либо). Если списать подобную ситуацию на ошибку программы - всё становится на свои места.