Ну, можно квартус обмануть и написать ему, что банк запитан на 2.5В, и вдуть ему туда LVDS.

Но это, конечно, против правил. Хотя скорее всего ничего страшного не будет, потребление вырастет, но при небольшом числе LVDS это не так уж и страшно. Хуже, если там в банке живут всякие конфигурационные пины. Квартус может обидеться, и не захотеть переходить на 2.5В из-за них.